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RPostgres

Bonjour Tout le monde,
Je suis sur un serveur CENTOS 7 et j'essai d'installer un package RPostgres pour communication entre une BDD postgres 9.6 et le language R.
Mon installation de postgresql est faite sur le répertoire par défaut et après j'ai fait un déplacement vers un autre répertoire.

La commande d'installation du nouveau package est la suivante : install.packages('/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz')

Et voici le retour :

Installation du package dans ‘/usr/lib64/R/library’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package ‘RPostgres’ ...
** package ‘RPostgres’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lpq
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libpq was not found. Try installing:
* deb: libpq-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: postgresql-devel (Fedora, EPEL)
* rpm: postgreql8-devel, psstgresql92-devel, postgresql93-devel, or postgresql94-devel (Amazon Linux)
* csw: postgresql_dev (Solaris)
* brew: libpq (OSX)
If libpq is already installed, check that either:
(i)  'pkg-config' is in your PATH AND PKG_CONFIG_PATH contains
     a libpq.pc file; or
(ii) 'pg_config' is in your PATH.
If neither can detect , you can set INCLUDE_DIR
and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘RPostgres’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/RPostgres’
Warning message:
In install.packages("/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz") :
  l'installation du package ‘/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz’ a eu un statut de sortie non nul

J'ai vérifié si les packages libpq et postgres_devel sont installés et sont bien présents :

rpm -qa | grep postgresql | grep devel
postgresql96-devel-9.6.10-1PGDG.rhel7.x86_64

rpm -qa | grep libpq
libpqxx-devel-5.0.1-2.rhel7.x86_64
libpqxx-5.0.1-2.rhel7.x86_64

Est ce que vous avez une idée comment faire dans ce cas ?

Merci à l'avance.

ruizsebastien

Membre

Re : RPostgres

Bonjour,

Une piste à creuser : avez-vous valoriser la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH ?
Elle doit contenir le repertoire qui contient les librairies postgresql.
exemple :
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:/usr/lib64:/opt/rh/rh-postgresql10/root/usr/lib64/:/opt/rh/rh-postgresql10/root/usr/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH

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Cordialement,

Sébastien.

rjuju

Administrateur

Re : RPostgres

Est-ce le binaire pg_config est bien dans le path de l'utilisateur qui installe le package?

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Julien.
https://rjuju.github.io/

Business Telecoms

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Re : RPostgres

Bonjour,
Je m'excuse du retard.

ruizsebastien : pour la variable LD_LIBRARY_PATH, elle n'était même pas dans les variables d'environnement
                       env | grep 'LD_LIBRARY_PATH'
J'ai ajouté : LD_LIBRARY_PATH=/usr/pgsql-9.6/lib/

rjuju : je fais l'installation avec l'utilisateur root et quand je fais locate pg_config : /usr/pgsql-9.6/bin/pg_config et n'étais pas présent dans le PATH et je l'ai ajouté

Mais le problème persiste avec la même erreur.

rjuju

Administrateur

Re : RPostgres

Vous avez ajouté  /usr/pgsql-9.6/bin/pg_config ou  /usr/pgsql-9.6/bin/ dans le $PATH?

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Julien.
https://rjuju.github.io/

Business Telecoms

Membre

Re : RPostgres

bonsoir,
Je m'excuse de l'erreur, j'ai bien ajouté le : /usr/pgsql-9.6/bin/

rjuju

Administrateur

Re : RPostgres

Je ne connais pas cet outil, mais si inclure, comme indiqué dans la sortie, le chemin vers pg_config ne suffit pas vous pouvez toujours essayer le reste des conseil: spécifiez INCLURE_DIR et LIB_DIR durant l'appel à R CMD INSTALL (exécutez manuellement pg_config pour avoir les bonnes valeurs).

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Julien.
https://rjuju.github.io/

Business Telecoms

Membre

Re : RPostgres

Merci beaucoup pour votre disponibilité, je vais continuer creuser